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medizin-forum.de • Thema anzeigen - Tumoröse Bereiche auf histopathologischen Aufnahmen
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BeitragVerfasst: 21.05.14, 14:15 
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Liebe Mediziner in diesem Forum,

ich schreibe gerade meine Masterarbeit im Bereich Informatik. Dabei geht es um automatische Detektion von tumorösen Bereichen auf CD3/CD8 gefärbten histopathologischen Aufnahmen von Gewebeproben von Darmkrebspatienten.
Leider ist es so, dass ich zu 4 meiner Testbilder keinen Ground Truth habe, d.h. von Menschen erstellte Segmentierungen, anhand denen ich am Ende das Ergebnis meiner Software beurteilen kann.
Ich habe selber versucht, eine Segmentierung vorzunehmen. Aber leider bin ich Informatik- und keine Medizinstudentin und bin mir daher absolut nicht sicher, ob das so stimmt.

Meine Bitte: Schauen Sie sich die Bilder an, und wenn eine Markierung nicht stimmt, teilen Sie mir das hier im Forum mit und ich versuche es zu korrigieren. Noch besser wäre es, wenn Sie (zB mit Paint, oder was Sie sonst lieber verwenden) Bereiche, die fehlerhaft sind, markieren könnten!

Dankbar wäre ich auch dafür, wenn Sie ein paar kurze Worte schreiben könnten, woran Sie tumoröse Bereiche erkennen: Ist es eher die Textur, oder eher die Verfärbung? Und wie unterscheidet sich tumoröses von gesundem Gewebe in Textur und Farbe?
Hinweise in der Literatur wären auch sehr hilfreich!

Ein großes Dankeschön im Voraus an alle! :)

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BeitragVerfasst: 21.05.14, 16:21 
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Registriert: 30.09.04, 19:04
Beiträge: 294
Interessantes Projekt. :)

Auf diesen Aufnahmen kann man nichts genaues erkennen, es sind nur Übersichtsaufnahmen. Die genaue Klassifizierung kann nur anhand verschiedener morphologischer Kriterien ggf in Verbindung mit immunhistochemischen Färbungen durchgeführt werden. Ausserdem werden noch höhere Vergrösserungen benötigt.
Dass Sie das ohne tiefere histologische Kenntnisse zuverlässig selbst einstufen, halte ich, vorsichtig ausgedrückt für schwierig.

Wäre es möglich einen Partner zu finden, der sich mit der Materie auskennt ? Zum Beispiel ein Pathologe oder ggf. Anatom ?

Viel Erfolg!

_________________
Hinweis unter Bezug auf §7(3) der Berufsordnung für Ärzte:
Mein Beitrag ist eine Stellungnahme, die auf den vorliegenden Angaben beruht. Sie ersetzt aber nicht die persönliche Beratung, Untersuchung und Behandlung durch Ihren Arzt.


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BeitragVerfasst: 21.05.14, 16:42 
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Registriert: 21.05.14, 13:54
Beiträge: 3
Eine erste Antwort! :)

Lizard hat geschrieben:
Interessantes Projekt. :)

Auf diesen Aufnahmen kann man nichts genaues erkennen, es sind nur Übersichtsaufnahmen. Die genaue Klassifizierung kann nur anhand verschiedener morphologischer Kriterien ggf in Verbindung mit immunhistochemischen Färbungen durchgeführt werden. Ausserdem werden noch höhere Vergrösserungen benötigt.


In welcher Größe würden die Bilder denn benötigt? Für einen Teil der Bilder habe ich auch größere Auflösungen (>1GB pro Bild) vorliegen. Immunhistochemisch sind die Bilder bereits eingefärbt, bloß nicht in der H&E-Färbung, wie man das normalerweise kennt. Diese CD3/CD8 Färbung soll Immunzellen hervorheben (erkennbar als braune Punkte), denn in einem nächsten Schritt sollen sie gezählt werden.

Es ist mir bewusst, dass ich da selber nicht viel wissenschaftlich wertvolles bewerkstelligen kann, daher ja auch dieser Thread...

Lizard hat geschrieben:
Wäre es möglich einen Partner zu finden, der sich mit der Materie auskennt ? Zum Beispiel ein Pathologe oder ggf. Anatom ?
Viel Erfolg!


Ich wünschte wirklich, das wäre möglich. An sich ist das Projekt ein internationales Kooperationsprojekt, bloß reagieren die Mediziner nicht mehr auf Emails (sind Franzosen...), und mir rennt hier die Zeit davon für meine Arbeit. Persönlich kenne ich leider nur eine Zahnärztin -.-

Vielen Dank für die Antwort jedenfalls! :)


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BeitragVerfasst: 24.05.14, 10:59 
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Registriert: 10.09.07, 13:30
Beiträge: 4696
1. Schlagen Sie sich das mit einer mehr als allgemein gehaltenen Hilfe durch diesen Thread gleich aus dem Kopf. Sie wissen nicht einmal, wer hier antwortet. Was wäre das für ein wissenschaftliches Niveau?
2. Sie benötigen die Hilfe eines Pathologen. Ohne den geht es nicht. Punkt. Das war schon bei der Planung des Projekts klar.
3. Wie bereits gesagt kann man ohne histologische Ausbildung und genügend Expertise keine Beurteilung vornehmen.
4. Alleine schon, dass Sie von Speichergrößen pro Bild sprechen, wenn die Frage nach einer höheren Vergrößerung kommt, zeigt, dass Sie in der Materie völlig unbewandert sind.
5. Für die Beurteilung von pathologischen, im Besonderen malignen Prozessen gibt es ausführliche Beschreibungen, die Sie in histopathologischen Lehrbüchern finden. Sie benötigen allerdings auch dafür ein medizinisches Grundverständnis.

Vielleicht bin ich etwas hart in meiner Antwort, Wissenschaft muss aber streng sein, sonst taugt sie nichts. Sprechen Sie mit Ihrem Betreuer und schaffen Sie unbedingt einen Fachmann heran, der Ihnen hilft.

_________________
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